Для удаления неотслеживаемых файлов в Git имеется специальная команда git clean.
Что бы рекурсивно удалить все неотслеживаемые файлы в текущей ветке выполняем команду git clean -df
Что бы удалить ещё и файлы перечисленные в .gitignore необходимо добавить ключ -x: git clean -dfx
Если вам необходимо удалить файлы только в определенных поддиректориях, то вы можете указать их в конце команды.
Перед выполнением полезно узнать какие файлы будут удалены, что бы не стереть важное. Для этого добавьте к команде ключ -n.
Также в Git есть возможность удалять файлы в интерактивном режиме: просто выполните git clean -i и вам покажут меню в котором можно фильтровать и выбирать файлы подлежащие удалению.